Conservação in situ de Mico-leões desde 1994, através do IBAMA (Instituto Brasileiro do Meio Ambiente e Recursos Naturais Renováveis). Este programa inclui estudos de comportamento e nutrição, implementação de corredores de floresta, e reintrodução de animais no habitat.

O Saguim-cinzento é uma espécie endémica da Colômbia e que se encontra extremamente ameaçada. Entre 2004 e 2009, o Jardim Zoológico coordenou e apoiou financeiramente o Programa de Conservação in situ desta espécie na Colômbia. Este programa foi distinguido com o prémio de conservação da EAZA, em 2005, e conta com o apoio de 17 Zoos europeus, nove zoos colombianos e de organizações não-governamentais (ONGs) colombianas e internacionais.

Desde 2008 que apoia um Programa de Conservação in situ para Macacos-capuchinhos no Brasil. Este programa inclui a monitorização de três grupos sociais distintos, e desenvolve-se em três áreas geográficas: Reserva Privada Capitão, Reserva Biológica Una e Plantações Michelis da Bahia.

O Jardim Zoológico apoia o Conservation Breeding Specialist Group (CBSG). Este grupo de especialistas oficialmente formado em 1979 é o grupo da União Internacional para a Conservação da Natureza (IUCN) responsável pela conservação ex situ e pela sua ligação à conservação in situ das espécies.