No entanto, atualmente só restam entre 5 e 8% da floresta tropical original que cobria Madagáscar quase por inteiro, levando a que quase todas as espécies endémicas da fauna e flora de Madagáscar se encontrem atualmente ameaçadas. Essa foi a razão principal que levou a EAZA a escolher Madagáscar como tema da sua campanha anual de conservação em 2007.

Foi também essa a razão que levou o Jardim Zoológico a iniciar, em 2007, o importante programa de conservação, em conjunto com o Zoo de Doué-la-Fontaine em França, numa das últimas florestas intactas em Madagáscar, a Floresta de Farankaraina, cuja gestão e conservação nos foi confiada pelas autoridades locais.

Durante o ano de 2013, o Programa de Conservação em Madagáscar registou os seguintes desenvolvimentos:

- O programa de rádio ligado à conservação continua a ser transmitido todos os sábados numa das poucas estações de rádio disponíveis naquela região. Os principais temas abordados durante este programa semanal prendem-se com a desflorestação, inundações e a importância da educação. No mês de novembro utilizou-se a referida emissão semanal para divulgar o Festival Anual do Lémure;

- Organização do Festival Anual do Lémure, que em 2013, se realizou na vila de Takoly no final de novembro;

- Continuação da gestão do acampamento base da floresta de Farankaraina e do espaço circundante. As quintas-feiras são dedicadas à limpeza do acampamento base, dos trilhos da floresta e da praia. Os guardas continuam a realizar patrulhas de reconhecimento em toda a floresta de Farankaraina têm podido constatar que os atos de desflorestação têm diminuído;

- O acampamento do ecoturismo tem cinco bungalows e já estão a ser utilizados;

- Continua a ser estudada a hipótese de reintroduzir Lémures-vermelhos na floresta de Farankaraina.