Nesta ilha africana vivem espécies que não se encontram em mais nenhuma parte do Mundo, como lémures e uma enorme variedade de camaleões e anfíbios. Restando apenas entre cinco e oito por cento da floresta tropical original, as espécies endémicas de Madagáscar estão ameaçadas. O Jardim Zoológico iniciou em 2007, em conjunto com o Zoo de Doué-la-Fontaine, em França e a
Antongil Conservation, um importante programa de conservação numa das últimas florestas intactas de Madagáscar: a Floresta de Farankaraina. Este programa assegura, desde 2008, o controlo da fauna e flora da floresta, e atua também na educação ambiental da população local.
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