Conservación in situ de Tití-leones desde 1994, a través del IBAMA (Instituto Brasileño del Medio Ambiente y Recursos Naturales Renovables). Este programa incluye estudios de comportamiento y nutrición, implementación de corredores forestales y reintroducción de animales en el hábitat.

El tití gris es una especie endémica de Colombia y está extremadamente amenazada. Entre 2004 y 2009, el Jardín Zoológico coordinó y apoyó financieramente el Programa de Conservación in situ para esta especie. Este programa fue distinguido con el premio de conservación EAZA en 2005 y cuenta con el apoyo de 17 Zoos europeos, nueve Zoos colombianos y organizaciones no gubernamentales (ONG) colombianas e internacionales.

Apoya desde 2008 un programa de conservación in situ para Monos capuchinos en Brasil. Este programa incluye el monitoreo de tres grupos sociales diferentes, y se desarrolla en tres áreas geográficas: Reserva Privada Capitão, Reserva Biológica Una y Plantações Michelis da Bahia.

El Jardín Zoológico apoya al Conservation Breeding Specialist Group (CBSG). Este grupo de especialistas formado oficialmente en 1979 es el grupo de la Unión Internacional para la Conservación de la Naturaleza (UICN) responsable de la conservación ex situ y su conexión con la conservación in situ de las especies.